Az EKÁER rendszerbe való belépéskor a felhasználó mindig egy bizonyos bejelentésre kötelezetthez lép be, ezért a bejelentkezéskor mindig meg kell adni a bejelentésre kötelezett adóazonosító számát, a felhasználót azonosító felhasználónevet és jelszót.

Az elsődleges felhasználó ezen túlmenően minden belépése alkalmával ügyfélkapun keresztül is azonosítja magát.